Stavění lhůty pro stanovení daně ve světle aktuální judikatury Nejvyššího správní soudu

V případě, že daňové subjekty vedou soudní spory se správcem daně, tak žaloby podané po 1. 1. 2011 nemají za následek stavění desetileté prekluzivní lhůty, ani v případě, že se jedná o daňová tvrzení podaná za účinnosti zákona o správě daní a poplatků, nikoli daňového řádu. 

Nejvyšší správní soud rozhodnul (9 Afs 95/2021 - 65) dne 1. 11. 2023 ve věci sporné otázky, kdy docházelo ke střetu staré právní úpravy daňového řízení, konkrétně zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků a aktuální (nové) právní úpravy zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád. 

Sporná otázka spočívala v tom, zda dochází ke stavění prekluzivní lhůty u řízení, kde prekluzivní lhůta započala běžet podle staré právní úpravy (zákon o správě daní a poplatků) z důvodu soudního řízení dle pravidla uvedeného v ustanovení § 41 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), včetně stavění nejdelší desetileté lhůty pro stanovení daně.

Dle ustanovení § 148 odst. 5 daňového řádu platí, že lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku, kterým se rozumí uplynutí lhůty pro podaní daňového tvrzení. Dle dosavadního stavu judikatury bylo možné toto pravidlo aplikovat pouze na prekluzivní lhůty, které započaly běžet za účinnosti daňového řádu (nové právní úpravy), tzn. od 1. 1. 2011. Dosavadní stav měl za následek, že u soudních řízení ve věcech daní, kterým prekluzivní lhůtu upravoval zákon o správě daní a poplatků (stará právní úprava), docházelo ke stavění desetileté objektivní prekluzivní lhůty, a to bez ohledu na datum podání žaloby. 

Dle rozhodnutí NSS se desetiletá objektivní prekluzivní lhůta dle ustanovení § 148 odst. 5 daňového řádu použije i právě na starší prekluzivní lhůty, pokud bylo soudní řízení zahájeno již za účinnosti daňového řádu (tj. od 1. 1. 2011). Pravidlo dle ustanovení § 41 s. ř. s. se v těchto případech již nepoužije (pravidlo dle § 41 s. ř. s. znamená, že u „správních deliktů“ lhůty pro zánik odpovědnosti, výkon rozhodnutí nebo např. zánik práva ve věcech daní, cel, poplatků, odvodů a záloh apod. neběží po dobu řízení před soudem).