Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 12. srpna 2026, č. j. 3 Afs 28/2026-42, potvrdil postup daňových orgánů vůči provozovateli brněnské restaurace Hacienda Mexicana. Kvůli zásadním nedostatkům v evidenci tržeb, zásob a storen nebylo možné stanovit daň dokazováním. Správce daně proto přešel na stanovení daně podle pomůcek a doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši 6,1 milionu Kč plus penále ve výši 20 % z doměřené daně. Rozsudek je důležitým varováním pro celý segment gastronomie, zvláště s ohledem na připravované zavedení EET 2.0.

Shrnutí případu

Společnost HACIENDA MEXICANA s. r. o. provozovala v Brně restauraci a vykonávala také další podnikatelské činnosti. Finanční úřad při kontrole daně z příjmů právnických osob za rok 2016 dospěl k závěru, že předložené účetnictví a pomocné evidence neumožňují spolehlivě určit skutečnou výši tržeb.

Správce daně proto zrušil vykázanou daňovou ztrátu 228 527 Kč a podle pomůcek doměřil daň ve výši 6 141 370 Kč. Současně vznikla společnosti povinnost uhradit odpovídající penále. Odvolací finanční ředitelství postup potvrdilo a po několika soudních řízeních kasační stížnost restaurace zamítl také Nejvyšší správní soud. Zjištěné problémy v účetnictví a navazujících evidencí byly takového charakteru, že účetnictví jako celek bylo zatemněno a dle správce daně nebylo možné stanovit daň dokazováním.

Důvod přechodu správce daně na stanovení daně podle pomůcek

Podle § 98 odst. 1 daňového řádu může správce daně stanovit daň podle pomůcek, pokud daňový subjekt nesplní své povinnosti při dokazování a v důsledku toho není možné stanovit daň dokazováním.

Daňové orgány a následně KS i NSS vytýkaly restauraci zejména:

• nepřehlednou evidenci tržeb zatíženou nepřesnostmi a neopodstatněnými zásahy;
• nesoulad evidence tržeb s pokladními doklady;
• chybějící kompletní průběžnou skladovou evidenci a inventarizaci zásob;
• nedoložené doklady, kterými byly ve větším rozsahu snižovány tržby evidované v pokladním systému;
• duplicitně provedené odečty;
• neprůkazné doložení likvidace prošlých nebo znehodnocených zásob;
• dodatečné úpravy některých dokladů a výstupů z pokladního systému KERBEROS.

Za zvlášť závažné NSS považoval zjištění, že některé předložené výstupy ze systému KERBEROS byly pozměněny. Externí správce systému navíc nedokázal změny vysvětlit a uvedl, že výstupy nebylo možné v předložené podobě přímo ze systému vygenerovat. Správce daně spolehlivě ověřil náklady na nákup surovin a nápojů. Restaurace však věrohodně nedoložila, jak byly nakoupené zásoby využity a jaké tržby z nich skutečně vznikly. Podle NSS tak byla „zatemněna“ podstatná část účetnictví vztahující se k hlavní činnosti společnosti. Stanovení tržeb dokazováním proto nebylo prakticky možné.

Volba pomůcek správce daně – stanovení tržeb dle konkurence

Jako výchozí údaj byly použity ověřené náklady na nakoupené suroviny. Správce daně dále vycházel z receptur, nákupních cen, prodejních ceníků a údajů o gramážích porcí. Tím dopočítal výrobní cenu porcí, obchodní přirážky jednotlivých pokrmů, průměrnou přirážku a následně předpokládané tržby za prodaná jídla.

Průměrná obchodní neboli kalkulační přirážka použitá u restaurace Hacienda Mexicana činila 208,66 %. Soud ji nepovažoval za excesivní. Zdůraznil rovněž, že daňový subjekt nemá právo vyžadovat použití konkrétní pomůcky. Může však prokazovat, že výsledná daň je v hrubém nepoměru ke skutečnosti. Takovou nepřiměřenost se restauraci podle NSS prokázat nepodařilo. Stanovení daně podle pomůcek je pouze kvalifikovaným odhadem, a proto v sobě vždy obsahuje určitou míru nepřesnosti. Jakmile ale k jeho použití vedlo neprůkazné účetnictví, nese daňový subjekt obtížnější důkazní pozici při zpochybňování výsledku.

Proč nestačila data z EET za prosinec 2016?

Povinnost evidovat tržby pro stravovací a ubytovací služby začala v původním systému EET až 1. prosince 2016. Za kontrolovaný rok proto mohla restaurace disponovat údaji EET pouze za poslední měsíc, nikoliv za celý rok. V kasační stížnosti společnost namítala, že správce daně měl k dispozici elektronicky evidované tržby minimálně za prosinec 2016 a mohl je při výpočtu použít. NSS však tuto argumentaci označil za nepřípustnou, protože ji restaurace neuplatnila již v žalobě a přišla s ní až v kasačním řízení.

Soud současně dodal, že údaje za jediný měsíc nemohly vyvrátit ani překlenout zásadní nedostatky účetnictví za celý rok. Společnost navíc sama připouštěla nesrovnalosti také v evidenci EET, zejména při odesílání storen, která měla být prováděna hromadně za určité období namísto průběžně. EET tak mohla představovat jeden z podpůrných důkazů nebo jednu z pomůcek. Sama o sobě ale nemohla nahradit průkaznou evidenci tržeb, skladové hospodářství, inventury a doklady o likvidaci potravin za zbývajících jedenáct měsíců.

Typická daňová rizika restauračního provozu

Rozsudek názorně ukazuje, proč patří gastronomie mezi odvětví citlivá na kvalitu vnitřních evidencí.

1. Vysoký počet jednotlivých tržeb

Restaurace denně zpracovává velké množství plateb, často v hotovosti. Bez spolehlivého propojení pokladny a účetnictví je následně obtížné prokázat, že byly zachyceny všechny tržby.

2. Storna, slevy a věrnostní programy

Storno může být zcela legitimní, například při chybně zadané objednávce. Pokud ale chybí původní doklad, důvod, čas, identifikace obsluhy nebo schválení odpovědnou osobou, může působit jako dodatečné krácení tržeb. Obdobné riziko se týká slev, věrnostních bonusů, personální konzumace či účtů „na podnik“.

3. Ztráty a likvidace potravin

Přirozené úbytky, zkažené potraviny nebo neprodané porce jsou v gastronomii běžné. Jejich existenci však musí podnik doložit. Nestačí pouze obecně tvrdit, že se potraviny rychle kazí. Vhodné jsou průběžné protokoly s uvedením druhu, množství, důvodu a data likvidace, případně odpovědných osob.

4. Receptury a gramáže

Z receptur lze odvozovat, kolik porcí bylo možné z nakoupených surovin připravit. Neaktuální receptury, nereálné gramáže nebo rozdíly mezi recepturou a skutečnou kuchyňskou praxí mohou zásadně ovlivnit výsledek daňové kontroly.

5. Nesoulad skladu, pokladny a účetnictví

Každá evidence může samostatně působit věrohodně. Riziko vzniká ve chvíli, kdy spolu nekorespondují nákupy surovin, skladové výdeje, prodané položky, tržby a inventurní rozdíly.

Co může pro restaurace znamenat zavedení EET 2.0 od 1. 1.2027?

Původní EET byla od 1. ledna 2023 zrušena. V roce 2026 se projednává nová právní úprava označovaná jako EET 2.0. Podle dosavadního harmonogramu se v lednu 2027 počítá s pilotním režimem; konkrétní povinnosti a termíny však závisejí na konečné podobě a schválení zákona. Nový systém může poctivě vedenému podniku pomoci. Vytvoří další průběžný záznam tržeb, usnadní kontrolu pokladny a může zlepšit důkazní pozici restaurace. EET však současně poskytne správci daně podrobnější data pro analytické porovnávání.

Při kontrole tak může být snazší odhalit například:

• rozdíl mezi údaji EET, pokladním systémem, účetnictvím a přiznáním k DPH;
• častá, hromadná nebo zpětně prováděná storna;
• neobvyklý poměr hotovostních a bezhotovostních tržeb;
• nesoulad mezi počtem prodaných položek a výdejem surovin ze skladu;
• výrazné výkyvy tržeb bez ekonomického vysvětlení;
• vysoké odpisy a likvidaci zásob, které neodpovídají provozu;
• rozdíly mezi provozovnami stejného podnikatele nebo mezi srovnatelnými obdobími.

Nejde o to, že by samotný rozdíl automaticky prokazoval krácení daně. Může však vyvolat pochybnosti správce daně a přenést na podnikatele potřebu rozdíl věrohodně vysvětlit a doložit.

Jak se na EET 2.0 a případnou kontrolu připravit?

Restauracím doporučujeme zejména:

1. Propojit pokladní systém, EET, účetnictví a sklad. Každá prodaná položka by měla mít dohledatelný dopad do tržeb i skladových zásob.
2. Nastavit pravidla pro storna a slevy. Uchovávat původní transakci, důvod opravy, čas, identifikaci zaměstnance a případné schválení vedoucím.
3. Chránit původní data před dodatečnými změnami. Systém by měl evidovat auditní stopu a umožnit zjistit, kdo a kdy údaj změnil.
4. Aktualizovat receptury a gramáže. Receptury musí odpovídat skutečné kuchyňské praxi, nikoliv pouze historickým kalkulacím.
5. Provádět pravidelné inventury. Inventurní rozdíly je nutné včas vyhodnocovat a vysvětlovat.
6. Dokumentovat ztráty potravin. Evidence by měla rozlišovat přirozené úbytky, prošlé zboží, zkažené suroviny, reklamace a personální spotřebu.
7. Pravidelně porovnávat datové zdroje. Nesrovnalost je bezpečnější odhalit a opravit interně než ji poprvé vysvětlovat při daňové kontrole.
8. Oddělit různé podnikatelské činnosti a provozy. Catering, restaurace, bar, klub nebo pronájem prostor by měly mít analyticky rozlišitelné náklady a výnosy.

Zajímavost z rozsudku: přirážka restaurace HAVANA

Restaurace Hacienda Mexicana se snažila zpochybnit výpočet správce daně srovnáním s jinými brněnskými podniky. Dodatek znaleckého posudku však ukázal, že restaurace HAVANA u svých devíti nejprodávanějších pokrmů používala kalkulační přirážku 250,88 %. Podle NSS toto zjištění spíše potvrzovalo, že přirážka 208,66 % použitá u Hacienda Mexicana nebyla sama o sobě nereálná. 

Co znamená přirážka 250,88 % pro zákazníka? Zjednodušeně platí, že pokud suroviny použité na pokrm stojí 100 Kč, po připočtení takové přirážky vychází prodejní cena přibližně na 350,88 Kč. Přirážku však nelze zaměňovat se ziskem restaurace. Z prodejní ceny se hradí také mzdy, nájem, energie, vybavení, neprodané a znehodnocené potraviny, platební poplatky, daně a další provozní náklady.

Závěr

Rozsudek ve věci Hacienda Mexicana potvrzuje, že formálně vedené účetnictví nestačí, pokud podnik nedokáže propojit nákupy surovin, jejich spotřebu a vykázané tržby. U restauračních zařízení je proto zásadní nejen evidence samotných plateb, ale celý průkazný řetězec od nákupu přes sklad a kuchyň až po pokladnu.

EET 2.0 může poctivým podnikům pomoci při dokazování tržeb. Současně však zvýší schopnost správce daně automaticky identifikovat nesoulady. Příprava by proto neměla spočívat pouze v pořízení kompatibilní pokladny, ale především v revizi celého vnitřního kontrolního systému restaurace.

Článek vychází z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 8. 2026, č. j. 3 Afs 28/2026-42. Informace o EET 2.0 odpovídají stavu legislativního procesu v srpnu 2026. Text má obecný informační charakter a nenahrazuje daňové ani právní poradenství pro konkrétní případ.