Audit pro méně firem, výhodnější akcie pro zaměstnance a odpočty na výzkum a vývoj, ve hře i možný konec limitu 40 milionů u prodeje akcií

Od 1. ledna 2026 nabude účinnosti balík legislativních kroků, které nyní prošly Senátem a čekají již jen na podpis prezidenta republiky. Týkají se mnoha různých okolností podnikání. Mění například účetnictví, povinnost auditu, přinášejí jednotné měsíční hlášení zaměstnavatele a zasahují i do daňové oblasti. Senát včera (23.7.2025) projednal řadu zákonů, k novele týkající se daní přijal pozměňovací návrhy, zajímavý je zejména ten vracející do hry úplné osvobození při prodeji firem, které se tak k projednání vrátí zpět sněmovně. 

V mnoha případech jsou změny skutečně hluboké, určitě tedy stojí za to podívat se na ně detailněji. Následující komentáře připravili Pavel Postl, Senior Partner skupiny PKF APOGEO pro Strategie a M&A, Vladimír Chylík, Senior Partner skupiny PKF APOGEO pro TAX & Accounting a Jaromír Chaloupka, Partner PKF APOGEO pro Audit.

Zaměstnanecké akcie: revoluce ve zdanění a jednodušší administrace 

Zaměstnanecké akcie zná naše legislativa dlouho, praxe téměř vůbec. Faktem je, že tento nástroj, který v zahraničí pomáhá rozvoji nových firem, start-upů a je důležitým prvkem HR, byl v českých podmínkách pojat legislativně tak, že reálné využití bylo téměř nemožné. Zdanění zaměstnaneckých akcií a důsledků opčních plánů se však přemisťuje z dosavadního § 6 do § 10. Nová úprava v důsledku znamená, že propříště nebude odváděno z rozdílu mezi platbou zaměstnance za akcie a jejich tržní cenou sociální a zdravotní pojištění. Zdanění z rozdílu (15 nebo případně 23 procent podle výše příjmu) proběhne nikoliv při získání akcií zaměstnancem, ale až v případě jejich prodeje. „Tato změna může české podnikatelské a zejména startupové prostředí významně zatraktivnit,“ uvedl k tomu Pavel Postl.

Ten také upozornil, že by bylo vhodné přistoupit i k dalšímu kroku, který by se týkal společností s rušením omezeným. „Bylo by vhodné vytvořit pro s.r.o. možnost jednoduše emitovat speciální zaměstnanecké podíly, aniž by firmy musely přecházet na pro mnohé drahou a složitou formu akciové společnosti. Jde o to, že podílník společnosti s ručením omezeným má i s velmi marginálním podílem v podstatě neomezený přístup k informacím. To samozřejmě může v případě pozdějších sporů přinášet skutečně extrémní komplikace.

Rozmělnění povinnosti auditu

Výraznou změnu přináší novela zákona o účetnictví, které se neformálně říká „malá“. Přichází s novou kategorizací účetních jednotek. Jedním z důsledků je, že se dosti zásadně zvyšují kritéria, od kterých má účetní jednotka povinnost zajistit ke svým výkazům a výsledkům audit.

Nově bude povinnost auditu platit pro účetní jednotku, která překročí 2 ze 3 kritérií: Čistá aktiva dosáhnout v daném účetním roce 120 milionů korun, obrat 240 milionů korun a průměrný přepočtený počet zaměstnanců 50. Dosavadní ustanovení hovoří o čistých aktivech 40 milionů korun, obratu 80 milionů korun a průměrném přepočteném počtu zaměstnanců 50.

Jde tedy o dost výrazný skok vzhůru, z čehož nutně plyne, že v roce 2026 již nebude pro dosti značný počet společností audit povinný. Mnohé z nich to jistě přijmou s úlevou a budou změnu považovat za pozitivní snížení administrativy. „V rovině denní praxe je to v jistém smyslu pravda. Pro řadu firem opravdu povinnost dostát externímu auditu znamenala významnou administrativní zátěž. Na druhou stranu je audit především objektivní vyhodnocení kvality účetních postupů, a tedy představuje verifikaci výsledků společnosti pro banky a investory. Novela proto neříká, že při nesplnění podmínek nemá být audit uskutečněn, ale dává svobodnou možnost podnikatelskému subjektu, zda audit podstoupí či ne. Vzhledem k tomu, že poskytování řady finančních služeb je ze strany bank a dalších subjektů samozřejmě posuzováno i z hlediska rizik, přičemž audit některá tato rizika eliminuje, nepředpokládáme, že všechny společnosti, které podle nové úpravy nebudou podstupovat audit ze zákona, skutečně od auditování ustoupí. Řada jich bude v praxi pokračovat právě s ohledem na své obchodní zájmy, kvůli své důvěryhodnosti před partnery i kvůli potřebě ověřit si správnost své praxe externím posouzením,“ uvedl Jaromír Chaloupka. Z hlediska auditorských postupů, posuzování reality i váhy závěrů není podstatné, zda je audit vytvářen na základě povinnosti ze zákona nebo na základě dobrovolnosti.

Novela současně přináší i úlevu v oblasti zprávy o udržitelnosti (ESG Reportu), což byl častý požadavek podnikové sféry.

Výzkum a vývoj výhodnější

Podstatná změna se týká uplatnění daňového odpočtu na výzkum a vývoj. Nově bude možné tento odpočet využít až v pěti bezprostředně následujících zdaňovacích obdobích (oproti současným třem). Stejná lhůta bude nově platit i pro odpočet na podporu odborného vzdělávání.

Dochází také ke změně výše samotného odpočtu na vědu a výzkum. 
Podle nových pravidel bude možné uplatnit:

• 150 % výdajů vynaložených na výzkum a vývoj, a to do výše limitu pro zvýšenou sazbu odpočtu, a
• 100 % výdajů převyšujících tento limit.

Limit pro zvýšenou sazbu odpočtu činí 50 000 000 Kč a bude se poměrně upravovat v závislosti na délce období.

Zákonodárce si slibuje od změny posílení investic do vědy a výzkumu. Samotné postupy vykazování a metodika zůstávají stejné, přičemž se jedná o dosti náročný proces. Je tedy otázkou, zda podnikatelské subjekty budou takovou změnou motivovány dostatečně.

Odpis pohledávek 

Nesporně vítanou změnou pro podnikatele je valorizace limitu pro „nevýznamné“ pohledávky, ke kterým lze tvořit jednorázově stoprocentní daňovou opravnou položku. Současných 30 tisíc korun je nahrazeno hranicí 50 tisíc korun.

Zaměstnanecké benefity

Dochází také k úpravě osvobození zaměstnaneckých benefitů v § 6 odstavci 9 písmenu d), což jsou zdravotní a volnočasové benefity. Nově je explicitně řečeno, že se bude muset jednat o plnění, která „nejsou mzdou, platem, odměnou, náhradou za ušlý příjem ani jiným plněním majícím vazbu na výkon práce“.

Během legislativních diskusí, a zvláště při jednání v Poslanecké sněmovně se objevila také řada různorodých návrhů na další změny a úpravy. Ve třetím čtení tak bylo vypuštěno zrušení stropu 40 milionů korun pro osvobození příjmů fyzických osob z prodeje cenných papírů, podílů či kryptoaktiv. Nicméně senát v rámci pozměňovacích návrhů vrátil zrušení tohoto limitu, ale pouze u cenných papírů a podílu, nikoliv u kryptoaktiv. Bude tedy zajímavé sledovat, jaký bude nakonec osud i této daňové změny, která dopadá nejenom na investory, ale zejména na majitele firem, kteří plánují jejich prodej.